今日もまた，NHKニュースのトップは，オミクロン．おそらく日本の全てのテレビ・新聞ニュースでも同様でしょう．世界全てかもしれません．
日本の場合，日本で初めての感染者が確認されたことがトップニュースのトップ．
NHKニュースウェブ
オミクロン株感染者 日本初確認 ナミビアから入国の30代外交官
2021年11月30日 20時45分 新型コロナウイルス
松野官房長官は、30日午後の記者会見で、アフリカ南部のナミビアから入国した30代の男性が、新型コロナの新たな変異ウイルス「オミクロン株」に感染していたことが確認されたことを明らかにしました。
日本国内で、オミクロン株の感染者が確認されたのは初めてです。
（以下略）
オミクロンについては，懸念材料は沢山あるものの，まだまだ分からないことだらけ．
ニューヨークタイムズの「What we know about Omicron （オミクロンについてわかったこと）」を見ても，日本での報道と大差なし．
ネイチャーと並んで科学誌としてはトップジャーナルのサイエンス誌の記事の見出しは「PATIENCE IS CRUCIAL（辛抱が肝心）」
続けて「WHY WE WON’T KNOW FOR WEEKS HOW DANGEROUS OMICRON IS（オミクロンの危険性が数週間もわからない理由）」．
「わからない」科学的な背景が説明されています．
Coronavirus Briefing
November 29, 2021
https://www.nytimes.com/2021/11/29/us/coronavirus-briefing-what-happened-today-omicron.html
What we know about Omicron
オミクロンについてわかったこと
先週、私たちはアンソニー・ファウチ博士に、なぜデルタ以降、強力な新種のコロナウイルスが出現しないのかを尋ねました。その数日後、私たちは可能性のある答えを得ました。
金曜日にお伝えしたように、B.1.1.529という新種のウイルス、通称「オミクロン」は、現在、世界中で警報を発しています。W.H.O.は本日、この亜種がもたらす世界的なリスクは "非常に高い "と警告しました。しかし、まだわからないことがたくさんあります。
ブラウン大学公衆衛生学部長のアシッシュ・ジャ氏がタイムズ紙の意見欄に寄せたゲストエッセイで指摘したように、オミクロンがデルタよりも感染力が強いのか、より重篤な病気を引き起こすのか、あるいはワクチンや過去の感染による免疫防御が効果的でないのか、専門家にもまだわからないことが多いのです。
今日は、このウイルスに関する最も重要な質問にお答えします。
どの程度心配すればよいのでしょうか？
専門家は注意を促していますが、初期の調査では様々な結果が出ています。W.H.O.は、オミクロンがより容易に人に感染する可能性があるという証拠があると述べ、専門家は、従来のバージョンのウイルスよりも体の免疫反応を回避する能力が高いのではないかと述べています。
姉妹誌「The Morning」でデビッド・レオンハートが指摘しているように、デルタのような初期の亜種は感染力が格段に高かったが、入院や死亡につながったコビッド-19の症例の割合はかなり安定していた。
同僚のカール・ジマーは、「今のところ、オミクロンが以前の亜種よりも重篤な病気を引き起こすという証拠はない」と書いています。
今日の午後、バイデン大統領は国民を安心させようと、このバリアントは「心配の種であり、パニックの種ではない」と述べました。
このバリアントは何が違うのですか？
オミクロンには約50の変異があり、そのうち30以上が重要なスパイクタンパク質に変異しています。スパイクタンパク質とは、ウイルスが体内に侵入するためのウイルス表面の構造で、ワクチンが免疫システムを認識して攻撃するように訓練する部分でもあります。スパイクにこれほど多くの変異があると、オミクロンがより効果的に細胞に侵入したり、抗体を回避したりできるようになるのではないかと懸念されます。
Moderna社の社長であるStephen Hoge博士は、Omicronの変異の多さについて、「これは、フランケンシュタインのように、すべての大ヒット商品を混ぜ合わせたようなものだ」と述べています。「これは私たちのすべての警鐘を鳴らすものです」。
しかし、すべての変異がうまく調和しているわけではないことは覚えておくべきでしょう。例えば、ベータとミューの変異体は、免疫防御を回避する強い能力を持っていましたが、感染者間での拡散が苦手だったため、世界にとって深刻な脅威とはなりませんでした。
ハーバード大学T.H.チャン公衆衛生大学院の疫学者であるWilliam Hanage氏は、言っています．「疫学者たちは "落ち着け、虎 "と言いたげです。非常に悪いことかもしれません。しかし、私たちはそのテープを前に進めるほどの十分な知識を持っていません」
ワクチンは私を守ってくれますか？
科学者たちは、既存のワクチンは、重篤な病気や死亡を含む最悪の結果から保護してくれる可能性が高いと述べています。しかし、今回の変異体は、以前の変異体に比べて投与の効果が低下する可能性も示唆しています。
しかし、ワクチンメーカーによれば、既存の製剤に手を加えることで、新しい亜種に対してより効果的な製剤を作ることができるという。
ファイザー社の広報担当者は「タイムズ」紙に対し、同社の科学者は「エスケープバリアントが発生した場合、現行のワクチンを6週間以内に適応させ、100日以内に初期ロットを出荷することができる」と述べています。Moderna社は、現行のワクチンを約2ヶ月で更新し、必要であれば約3ヶ月で臨床結果を出すことができると述べています。
どのくらいの速さで広がっているのでしょうか？
それを知るには数週間かかるかもしれませんが、初期の兆候には不吉なものもあります。南アフリカの国立感染症研究所が発表したデータによると、南アフリカではここ数日で検査陽性率が急激に上昇し、1％から10％近くになっています。
www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。
SCIENCE INSIDER
‘PATIENCE IS CRUCIAL’: WHY WE WON’T KNOW FOR WEEKS HOW DANGEROUS OMICRON IS
「辛抱が肝心」オミクロンの危険性が数週間もわからない理由
SARS-CoV-2の新亜種の多くの変異が深刻な脅威となるかどうかは、実験室での検査と拡散のパターンでわかる
2021年11月27日 10:35 Ambykai kupferschmidt
11月24日午前7時30分、スクリプス研究所の感染症研究者であるKristian Andersenは、Slackで1つのメッセージを受け取りました。「この亜種は完全に狂っています。」----
アンデルセンはそのデータを見て、こう答えたという。「何てこった...これは大変なことだ。あの枝の長さは......」。
----
彼らが話していたのは、現在「オミクロン」と呼ばれている、懸念されている新しい亜種のことで、アンデルセンが気づいた長い枝は、SARS-CoV-2の進化の木にある、他のすべての既知のウイルスとの距離を意味している。この亜種は、何百万ものウイルスゲノムのデータベースの中に、中間的な配列を持たずに、数十の変異を拾い上げているようで、その多くは、免疫を回避したり、感染力を高めたりするのに重要であることが知られています。11月23日、インペリアル・カレッジ・ロンドンのウイルス学者であるトム・ピーコックは、世界的なデータベースの中に奇妙な配列を発見した後、すでにGitHubに自分の評決を投稿していた。「これは本当に心配です。」
今また、新しい変異体が人類に何をもたらすのかを知るために、研究者たちが夜も週末も働いている様子が、世界の注目を集めています。オミクロンは感染力が強いのか？より致命的なのか？また、回復した人々への再感染に優れているのか？ワクチンによる免疫をどの程度回避できるのか？そして、それはどこから来たのか？解明には時間がかかるだろうと、ウエルカム財団のジェレミー・ファーラー氏は警告します。「辛抱が肝心だと思います」。
-----
ランセット社は、SARS-CoV-2のPCR（ポリメラーゼ連鎖反応）検査で、重要な標的であるS遺伝子が多くのサンプルで検出されないことに気づいていた。今回、Lancet誌が8つのウイルスの塩基配列を調べたところ、その理由が判明しました。ゲノムが大きく変異していたため、検査で遺伝子が検出されなかったのです。
ランセット社は、ゲノムを南アフリカのゲノミクスサーベイランスネットワーク（NGS-SA）と共有し、NGS-SAは11月23日に緊急会議を開催しました。NGS-SAの研究責任者であるクワズールー・ナタール大学のウイルス学者、Tulio de Oliveira氏は、「突然変異の数の多さに衝撃を受けました」と語ります。会議の後、彼は南アフリカの保健局長に電話をかけ、「新しい変異体の可能性が出てきたことを大臣と大統領に伝えるように頼みました」と言います。チームは、その後24時間以内に、ハウテン州から無作為に選んだ別の100個の配列を解析しました。すべてに同じパターンが見られました。政府に報告した後、ド・オリベイラらは11月25日の朝、記者会見でエビデンスを発表した。11月26日、世界保健機関（WHO）は、このウイルスを「懸念すべき変種」とし、「オミクロン」と命名しました。(変種名はギリシャ語のアルファベットに従っているが、WHOはNuとXiの文字を省略した。「Nuは『新しい』と混同されやすく、Xiは一般的な姓であるため使用されなかった」とのことである。）
オミクロンを懸念する理由の一つは、南アフリカではオミクロンが他の亜種と急速に入れ替わっていることがシーケンスされたサンプルで示されていることです。しかし、この図式は歪んでいるかもしれません。一つは、ここ数日の間に発生した可能性のある新種のケースに焦点を当ててシークエンスを行ったため、実際よりも頻繁に発生しているように見える可能性があります。PCRデータは、より広い範囲をカバーし、より偏った見方をしませんが、そこでもS遺伝子の不具合を持つサンプルがOmicronの急激な増加を示しています。
しかし、このような頻度の上昇は、偶然の産物である可能性もあります。サンディエゴでは、今年の初めに大学で一連のスーパースプレディング（超拡散）現象が発生し、ある特定の株のSARS-CoV-2が爆発的に増加したと、アンダーセンは言います。
----
アンダーセンは、異なるオミクロンのゲノムを比較した結果、このウイルスは9月下旬から10月上旬に出現したと推定しており、見かけよりもゆっくりと広がっている可能性があります。
懸念されるもう1つの理由は、オミクロンのゲノムが混乱していることです。ヒトの受容体を使って細胞に取り付くスパイクタンパク質は、中国の武漢で発見されたウイルスのものと30個のアミノ酸の違いがあります。また、3か所でアミノ酸が消え、1か所で新しいアミノ酸が出現しています。(その他のタンパク質にも変化が見られます。）スパイクの変化の多くは、ヒトの細胞と接触する部分である受容体結合ドメインの周辺にあります。「これは非常に困ったことです」とFarrarは言います。昨年の構造生物学的マッピングでは、これらの変化のいくつかは、ウイルスが受容体とよりよく結合することを示していました。
オックスフォード大学の進化生物学者であるアリス・カッツーラキス氏は、突然変異だけでウイルスの感染力を判断するのは難しいと言います。「しかし、感染力に影響を与えるような変異を探していたとしたら、このウイルスはそのすべてを持っています」と彼は言う。
フレッド・ハッチンソン癌研究センターの進化生物学者であるジェシー・ブルーム氏は、今回の塩基配列は、このウイルスが人間の抗体を回避する能力に優れていることを示唆していると言います。ヒトの免疫系は、SARS-CoV-2を中和するさまざまな抗体を産生しますが、最も重要な抗体の多くは、ウイルスのスパイクタンパク質上のわずかに異なる部位を標的とする3つのカテゴリーに分類されます（単に1、2、3と呼ばれる）。E484Kと呼ばれる変異は、クラス2の抗体が認識する部位の形を変え、抗体の効力を弱めるため、長い間心配されてきました。オミクロンは、この部位にE484Aという変異があり、他の2つのクラスの抗体の部位にも同様の変化があります。
ブルームは、COVID-19から回復した人やワクチンを接種した人が、ウイルスを中和する能力を完全に失う可能性は低いと考えています。「しかし、この特殊な変異の組み合わせに基づくと、中和能力の低下は、他の主要な変異よりも大きいと予想されます」。
彼の予想が正しいかどうかは、実験室での実験で明らかにされなければなりません。アフリカ・ヘルス・リサーチ・インスティテュートの感染症研究者であるアレックス・シガルによれば、11月24日にオミクロンの入った綿棒を受け取り、ウイルスの培養を開始したといいます。ワクチンを接種した人や回復した人の血清と比較できるだけのウイルスを作るには、1週間から2週間かかると彼は言います。
----
このような研究が行われている間は、パンデミックの変化を注意深く観察することが重要だとファーラーは言います。「南アフリカだけでなく、より広い南アフリカ地域で感染者が増えているのか？」
----
疫学者たちは、何人の人が入院したり死亡したりするかという病気の重症度の変化にも注目しています。これらの調査には時間がかかります。
一方、欧州連合（EU）や米国をはじめとする多くの国では、自衛のためにアフリカ南部への渡航を制限しています。「渡航制限をしたからといって感染が止まるわけではありませんが、時間を稼ぐことはできます」とファーラーは言います。「問題は、その時間をどう使うかです」。
渡航制限には経済的・社会的コストがかかるため、新しい亜種を報告する意欲を失わせる可能性があります。
----
デ・オリヴェイラ氏は、南アフリカの研究者たちがこのような配慮をすることはないと言います。デ・オリヴェイラは、「オミクロンが大規模な感染の波を引き起こさず、制御できる場合には、大規模な反発を受けるリスクがあります」とメッセージに書いている。「しかし、パンデミックによって多くの人が亡くなり、苦しんでいるのですから、このリスクは許容できる範囲内です。私たちの希望は、私たちの早期発見が世界を救うことです」。
www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。
